Problemas
O principal problema existente é o desflorestamento de matas secundárias e nativas, cujas árvores vão para madeireiras, para a secagem das folhas de fumo e para as olarias. Hoje, teme-se que, com a ampliação da reserva indígena de José Boiteux, parte da última reserva de araucária de Santa Catarina vá para as madeireiras, repetindo-se a devastação ocorrida num passado recente, onde o índio, proprietário de suas terras, pode derrubar e vender árvores sem a interferência restritiva do governo.

Segundo a APREMAVI (Associação Pela Preservação do Alto Vale do Itajaí), na Região Sul, durante a safra de 96/97, a indústria do fumo foi responsável por boa parte do desmatamento; as árvores da Mata Atlântica alimentam 122.170 estufas que consumiram 8,5 milhões de metros cúbicos de madeira; 70m³ por estufa. Estima-se que para cada 300 cigarros produzidos, uma árvore é queimada; um fumante que consome um maço de cigarros por dia é responsável pela queima de duas árvores por mês.

Várias fazendas retiraram a mata ciliar, desprotegendo e aumentando as possibilidades de erosão, enchentes e de poluição dos rios e afluentes que também sofrem com os dejetos industrial e residencial, principalmente no Médio e Baixo Vale; por sorte a qualidade das águas para as atividades esportivas no Alto Vale ainda não foi prejudicada. Outro problema relacionado à água é a criação de peixes integrada com a suinocultura, provocando o aumento da população do borrachudo e a poluição dos rios e riachos por dejetos orgânicos.

Com incentivos governamentais, a agricultura química chegou ao Vale do Itajaí, na década de 1960 e tornou os agricultores dependentes das sementes híbridas, adubos químicos e agrotóxicos; agricultores estes que desrespeitam até o bem estar dos próprios filhos ao aplicarem venenos em hortas de escolas, jardins de infância e creches. As conseqüências são o surgimento de novas pragas e doenças, o aumento do número de casos de câncer e a poluição do solo e dos recursos hídricos. Em 1987, uma pesquisa realizada pela FUNDACENTRO apontou intoxicação por agrotóxicos em 79,3% dos 563 fumicultores e seus familiares examinados.

A CELESC (Centrais Elétricas de Santa Catarina SA), planeja construir uma usina hidrelétrica na localidade de Salto Pilão em Lontras-SC, aproveitando um desnível de 190 metros do Rio Itajaí-Açu entre Salto Pilão e Ibirama. Seria necessário desviar o curso do rio por um túnel, numa extensão de 9 km, praticamente secando o leito na maior parte do ano, comprometendo diretamente a economia e a qualidade de vida no Alto Vale.

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